土地改良区組織運営の手引きより（全国水土里ネット）
土地改良区の仕組み（しくみ）
土地改良区は、昭和２４（１９４９）年に制定された土地改良法に基づき、組織再編や設立され、これまで土地改良事業の実施及び土地改良施設や農業用水の管理を行うほか、国県営土地改良事業の負担金の徴収及びその造成施設の管理を行うなどの役割を果たしています。
しかしながら、半世紀が経過する中で、我が国の急速な経済成長に伴って農村の都市化・混住化、農家の減少、高齢化の進行に加え、近年の国際化の進展による農産物の価格の低迷により、農業経営にとって厳しい状況にあるなど土地改良区を取り巻く情勢は大きく変貌しています。
このような中にあって、平成１１年７月には「食料・農業・農村基本法」が制定され、同法に基づく基本計画が定められるとともに、平成１３年６月には基本法の理念を踏まえた土地改良法の一部改正が行われ、事業の施行に当たっては環境との調和に配慮する旨をはじめ、地域の意向を踏まえた事業の推進、地域と連携した土地改良施設の管理のあり方などが位置づけられたところです。
土地改良区は、農業農村を取り巻く情勢が厳しくなる中にあっても、土地改良事業の実施及び土地改良施設の管理において中心的な役割を担うことが必要であり、２１世紀の農業農村地域における「水と農地」の管理主体としての役割を通じ、地域の環境保全にもつながる重要な使命を担っています。
この重大な使命を果たすためには、土地改良区が自らの事業運営基盤の強化を図り、土地改良施設の有する多面的な機能を十分に活かしながら、地域で期待される運営と施設管理を目指すことが必要です。
土地改良区の性格（せいかく）
①公的性格
土地改良区（土地改良区連合を含む。）は、土地改良事業を行うための団体として、土地改良法（以下「法」という。）により特別にその成立を認められている法人であるという意味において、国、都道府県、市町村、農業協同組合等の他の土地改良事業の実施主体とは異なり、土地改良事業のいわば根本的事業主体であるといえる。
法人の性格は、社団（組合）であるが、その名称に「区」という語を用いており、地縁的性格の強い団体である。
また、沿革的には、旧耕地整理法に基づく耕地整理組合及び旧水利組合法に基づく普通水利組合の流れをくむものであり、法に以下のように規定される公共組合としての性格の極めて強い団体である。
②第三者対抗要件
土地改良区は、都道府県知事の認可により成立し、知事は、遅滞なくその旨を公告することになるが、土地改良区の成立は、この公告によって第三者（組合員も含まれる。）に対する対抗力を得、別に法人登記を必要としないこととされている（法第１０条）。
③当然加入
土地改良区の設立申請に当たっては、地区内の参加資格者の３分の２以上の同意を必要とされている。土地改良区が成立すると、そのとき及びその後において、その地区内の土地について参加資格を有する者は、土地改良区の設立の際の同意、不同意にかかわりなく、自然人でも法人でも国や地方公共団体でもすべてが組合員となることとされており、３分の２以上の者の同意を要件としての組合員当然加入の制度がとられている（法第１１条）。
④強制徴収
土地改良区は、事業に要する経費に充てるため、その事業により利益を受ける組合員から賦課金等を徴収することができ、組合員が賦課金等を滞納した場合には、一定の手続きのもとに、これを強制徴収することができることとされている（法第３６～第３９条）。
⑤各種の法の適用
総代の選挙管理委員会による公選（法第２３条）、土地改良区の行為についての行政不服審査法（昭和３７年法律１６０号）の適用（法第４６条）、行政手続法（平成５年法律第８８号）の適用、役員の収賄罪に関する適用（法第１４０条）があるほか、土地改良区の団体としての性格や事業の性質にかんがみ、法人税、所得税、登録免許税、地価税（以上国税）、不動産取得税、特別土地保有税、固定資産税、都道府県民税、事業税、市町村民税、事業所税、都市計画税、印紙税（以上地方税）等について免税の措置がとられている。